草鱼苗在养殖过程中易受多种疾病侵袭。出血病是常见且危害较大的疾病之一，多由草鱼呼肠孤病毒引起。患病鱼苗体表、肌肉、鳍条等部位出现点状或块状出血，严重时全身出血。预防出血病，可在鱼苗放养前对池塘彻底，定期用含氯剂对水体。发病时，可投喂含抗病毒的药饵，同时全池泼洒碘制剂等剂。
烂鳃病也是草鱼苗常患疾病，主要由感染引起。患病鱼苗鳃丝腐烂，带有污泥，鳃盖骨内表皮充血，中间部分常被腐蚀成圆形或不规则透明小窗。预防烂鳃病，要保持水质清新，定期换水。时，可使用二氧化氯等剂全池泼洒，同时在饲料中添加，如恩诺沙星等，连续投喂 3 - 5 天。此外，车轮虫病也较为常见，由车轮虫寄生引起，患病鱼苗体表黏液增多，食欲减退，离群独游。防治车轮虫病，可使用硫酸铜和硫酸亚铁合剂全池泼洒，或用苦楝树叶煎汁泼洒。定期对草鱼苗进行检查，做到早发现、早，是防控疾病的关键。