在医疗卫生中超声处理的应用也日益广泛。超声除直接用于人体外，还可以间接以超声为手段配合进行。如超声透入疗法。利用了超声的波长短的作用而不需要穿刺皮肤，即能把送入人体内。这种方法具有选择性强，集中,局部浓度大,不损伤肌体完整的优点。现在透入的有、维生素、素、组织胺、菸酸等。还有通过超声把雾化成微粒，通过病人的呼吸进入呼吸道，达到吸入的目的。微粒的直径约为2～20μm,可深达微小支气管甚至肺泡中。故比一般吸入疗法效果好。
利用超声的空化效应可将细胞粉碎，或进行病理分析；清除放射性污染的器件；清洗难以用常规方法清洗的医疗器械；外科医生洗手等。