医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授84人，博、硕士研究生导师64人，承担着博士、硕士研究生、七年制儿科专业、护理大中专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
积极开展科研指导临床是小儿泌尿外科的另一特色。尿道下裂病因学研究、包皮血液供应的解剖学研究、尿道下裂修复手术的临床研究、肾肿瘤病理组织类型、横纹肌肉瘤多药耐药性的研究、神经源性膀胱等下尿路梗阻尿动力学研究等对推动上述临床工作发展和水平提高发挥了重要作用。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。
当爸爸妈妈们发现孩子阴囊，并且触摸睾丸有疼痛时，千万要当心了，有可能是附睾睾丸炎症或者睾丸扭转，而这两种情况都是必须要及时的，即使是疫情期间，也应该做好防护后立即医院急诊就诊，并且在去往医院的路上，暂时不要给孩子进食进水，为可能需要进行的急诊手术做好准备。此外，如果未进行手术的隐睾患儿，发生了腹股沟区(大腿根部内侧)的疼痛，也应及时急诊就诊哦。