连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
治脾宜升，治胃宜降，相济为用
《素问，六微旨大论》云：“气之升降，天地之更用也……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危，故非出入，则无以生长壮老已，非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。”连老认为，气机之升降各有所主，与肝、胆、脾、肺、胃均有关。通过升降，脏腑各尽其职，气血津液得以敷布，废物糟粕及时排出，但以脾胃为升降之枢纽，正如东垣所云：“脾为太阴之脏，恶湿喜燥，燥则脾之清气上升，以煦心肺，心肺和煦则下济肝肾；胃属阳明之腑，恶燥喜润，润则胃之浊气下降，以濡肝肾，肝肾濡润则上滋心肺。”脾主运化，其性主升，清阳得以上达上窍；胃主受纳腐熟，其性主降，水谷入胃得以下行，是故《临证指南医案》云：“脾宜升则健，胃宜降则和。
若脾胃升降乖常，则出现“胃病者，腹顶胀，胃脘当心而痛，上支两胁，膈咽不通，食欲不下”（《灵枢·邪气脏腑病形篇》），或“清气在下，则生飧泄，浊气在上则生胀”（《素问·阴阳应象大论。连老认为，脾胃气弱，清气不升而反降为飧泄，当升脾；浊气不降，而反上逆，则生胀，为呕，为吐，为哕，为便团，当降胃。对脾虚小能运化水谷，精微不生，反生湿浊，而为泄泻者，老师治以健脾、化湿祛浊，如香砂六君、参苓白术、资生丸，或温中暖脾，如理中汤。若清阳不能上升而下陷浊气不能下降而上逆，清浊反常，症见脘腹胀满、大便不畅时，应升阳泄浊并举，使中阳升腾，浊阴方可下降，宜补中汤、升陷汤。六腑以通为用胃气以下行为顺，否则传化无由，壅滞为病。对胃失通降，浊气浊阴随之上逆，应通降镇逆，方选旋覆代赭汤、橘皮汤、橘皮竹茹汤，可根据寒热虚实灵活运用。对虚中夹实、寒热互结、痞塞难开者，宜辛开苦降，如半夏泻心汤、甘草泻心汤、生羡泻心汤等。连老强调，脾为阴脏，其用在阳，不升则阳无所用；胃为阳丽，其用在阴，不降则阴无所用。因此，治脾必知其欲升，治胃必知其欲降。察其阴阳，知其升降，明其补泄，才能抓住脾胃病的要点。
寒热并调，辛开苦降，各司其属
胃为阳土，其病多实多热；脾为阴土，病多虚多寒。然脾胃病变并不全部表现为单纯的寒证或热证，往往多为寒热错杂的复杂病变。如既有胃脘冷痛、呕吐清涎，又兼见大便滞而不爽、肛门灼热下坠的上寒下热证；或为、便溏，又有口臭口疮、胃脘灼热之上热下寒证。因此，在诊治中须“瑾守病机，各司其属”，不可顾此失彼。
对于寒热错杂者，连老强调须详察病机，寒热共调，方符合脾喜温燥、胃喜凉润的特性。当脾受湿困、胃为热扰之际，常用辛开苦降法燥脾清胃，以半夏泻心汤为，寒热互用以和其阴阳，辛苦并进以调其升降，如此则“太阴湿土，得阳始运；阳明燥土，得阴自安”。如泛呕清水甚者改用生姜泻心汤；脾虚审者，则取用甘草泻心汤，佐以茯苓以增健脾化湿之功。若邪热内陷、痰浊蕴结而“心下满痛”者，投以小陷胸汤以降痰火、利气机。连老指出，寒热错杂证，不可拘泥于一法一方，当求本论治，随证加减。实热盛者，适当重用黄芩、黄连，少用干姜，酌加车前子、金钱草、虎杖清热利湿；寒湿盛，重用干姜，少用连，佐以苍术、厚朴苦温燥湿；热毒亢，加蒲公英、白花蛇舌草、半枝莲清热；兼食积者，加焦山楂、焦神曲、焦麦芽。“知犯何逆，随证治之”，虽药有增损，然寒热并调、辛开苦降之旨不变，“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。
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科研成果
发表专业论文80余篇，研究的科研项目有：“小半夏汤防治化疗呕吐作用实验研究”、“中医肾脏理论发生学研究”、“疏肝利湿法对利福平所致肝损伤的保护作用”、“抗结核药诱导肝损伤大鼠模型的研制”等，其中：《金匱要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖，“中医肾脏理论发生学研究”获2001年省中医药管理局科技进步二等奖，“课程建设标准及评估指标体系的研究与实践”获得2003年省教育科委“九五”规划重大研究成果二等奖，《三订通俗伤寒论》获得2004年中华中医药学会科技奖学术著作奖，“小半夏防治化疗呕吐作用实验研究”获浙江省教育厅科技进步三等奖。