医药批发企业在进行ISO 9001认证时需要注意以下几点：

1.质量手册准备：编写一个完整、规范的质量手册，并根据ISO9001国际标准的要求进行相关的修改。

2.内部审核：组织内部审核，并编制内审报告，确定各个部门和个人是否符合认证要求，并制定纠正和预防措施。

3.文件控制：建立正确的文件管理程序、文档控制程序和记录管理程序，包括审查、批准和发放质量文档。

4.培训：进行必要的质量管理培训，使所有员工都能理解和履行质量管理体系。

5.管理评审：按要求进行管理评审，并做出相应的决策，包括改进质量管理体系等。

6.纪录保存：对实行质量管理体系所涉及的各类文件、文件修改、内部审查、管理评审、质量审核等纪录进行保存。

以上是医药批发企业在进行ISO 9001认证时应该注意的几个方面，实际操作中也应该根据企业自身的情况和要求进行相应的调整和优化。